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平行空间中在一个原本非常平静的世界中某一天一个物种的到来打破了这里的平静，人们对他们的说法众说纷纭，不过好在是他们并不是那种野蛮无理的野兽，它们与人们一起和平共处，有些甚至成了人们的好帮手，本来回归平静的日子突然被一些偷盗者的到来大乱，他们大量的补抓这些外来生物以强制的手段驯化并变卖到世界各地，之后不仅引起了警方们的关注还导致了它们对人们慢慢失去了信任。
不过好在后来年轻的孩子们，通过自己优良的品质获得了它们的信任，他们一起在全国各地进行旅行，在不久后在世界上出现了一种新的职业他们叫训练师，而外来物种有了一个好听统称宝可梦，每一个宝可梦都有着各自的种族，每个种族的宝可梦都有着不同的名字，在某个小岛上的国家中有一个市诞生了一个孩子，他的梦想是成为世上最伟大的训练师，于是从小就开始前往各种道馆收集徽章，在这途中也是和不少的宝可梦建立起了友谊，直到之后全部徽章极其后一起参加橘子联盟的比赛从而获得最强训练师的称号。
玩家们经过一周目的历练后回到家中接到了莉莉斯的通知，需要玩家们前去获得洛林的通行证之后去去参加联盟举办的比赛，当玩家们坐飞机前方临港市后需要前后一共击败八个道馆的馆主并获得徽章，玩家们获得八个徽章后就相当于是通行证了就可以去参加比赛了，在这段旅途中玩家们还能收服不少的宝可梦伙伴们。
